Руководитель Института – Бархатова Александра Николаевна, доктор медицинских наук, профессор. В 2005 г. защитила кандидатскую диссертацию "Эндогенный юношеский приступообразный психоз с кататоническими расстройствами в структуре манифестного приступа (клиническое и клинико-катамнестическое исследование)", в 2016 г. – докторскую диссертацию "Дефицитарные расстройства на начальных этапах юношеского эндогенного приступообразного психоза (мультидисциплинарное исследование)". Круг научных интересов: изучение эндогенных психических заболеваний, в частности течения шизофрении, разных аспектов аффективной патологии, проблем пограничных психических нарушений, включающих широкий круг социально значимых патологий, таких как расстройства пищевого поведения и нарушения половой самоидентификации. Осуществляет научное руководство соискателями и аспирантами. А.Н. Бархатова – автор более 150 научных публикаций в отечественных и зарубежных журналах и сборниках, Председатель Диссертационного совета по специальности "Психиатрия и наркология" при ФГБНУ НЦПЗ, член исполнительного комитета Правления Российского общества психиатров.

Институт психиатрии детей и подростков был создан в ноябре 2024 и объединил отдел детской психиатрии и отдел по изучению проблем подростковой психиатрии. В структуре Институту был также создан отдел по изучению психической патологии дошкольного возраста.

Отдел детской психиатрии был одним из первых отделов (отделение детской психиатрии), созданных в Институте психиатрии АМН СССР. Первым руководителем клиники была проф. Т.П.Симсон (с 1945 по 1960 г.), одна из основоположников детской психиатрии в нашей стране. Под ее руководством была подробно описана шизофрения в раннем детском возрасте, изучался эпидемический энцефалит у маленьких детей, а также гриппозный вирусный энцефалит и психотические состояния при гриппе, тифе, кори, ревматизме. Ею было создана детская клиника Института психиатрии и организованы исследования психической патологии детско-подросткового, а также раннего детского возраста. В дальнейшем заведующим отделением детской психиатрии являлся проф. Г.К.Ушаков (с 1961 до 1965 г.), который занимался исследованиями эндогенных психозов детского возраста, изучал закономерности течения шизофрении, проблемы дисгармонии психического развития, онтогенеза сознания и личности, разрабатывал вопросы клиники и систематики галлюцинаций, а также пограничных нервно-психических расстройств. С 1965 г. руководителем клиники детских психозов являлся М.Ш.Вроно, ученик Г.Е. Сухаревой и А.В. Снежневского. Под его руководством и при его непосредственном участии введены и разработаны понятия возрастного патоморфоза при детской шизофрении. Впервые проведены исследования разных форм нарушения развития (дизонтогенеза) у детей, страдающих шизофренией. Разработаны (совместно с проф. В.М. Башиной) основные подходы к проблеме раннего детского аутизма. Впервые в мире были проведены широкомасштабные клинико-катамнестические, клинико-эпидемиологические, клинико-генетические исследования детской и подростковой шизофрении, послужившие основой разработанной систематики детской шизофрении. С 1989 по 2010 г. отдел возглавляла проф. И.А.Козлова, один из ведущих отечественных специалистов в области детской психиатрии. проведенные ею исследования были посвящены клинико-генетическим характеристикам неспецифических синдромов, предпочтительных для детского возраста (в сравнительно-нозологическом аспекте), оценке соотносительного вклада генетических и средовых факторов в изменчивость клинических признаков болезни. С 1992 г. под ее руководством выполнялся пилотный проект Всемирной организации здравоохранения "Последствия влияния радиации на темпы психического развития детей, подвергшихся ионизирующему излучению внутриутробно". Результаты этой работы были представлены на международном конгрессе в Женеве и получили высокую оценку зарубежных коллег. С 2010 по 2022 г. под руководством проф. Н.В. Симашковой продолжалась большая научная работа по психиатрии раннего детского возраста, с разработкой разделов эпидемиологии, профилактики, клиники, лечения и организации новых форм психиатрической помощи детям раннего возраста. Большое внимание уделялось изучению феноменологии психических расстройств, клинико-биологическим аспектам и роли психобиосоциальной системы "мать–дитя" в раннем психическом дизонтогенезе.

Институт включает в себя отделы, охватывающие весь спектр психической патологии детства и отрочества и охватывает широчайший спектр проблем: аутизм, нарушения нейропсихического развития в раннем детском возрасте, психотические расстройства, аффективные расстройства школьного возраста, аутодеструктивное поведение, нарушения пищевого поведения, нарушения влечений, стресс индуцированные и ассоциированные расстройства, приводящие к учебной дезадаптации, психические расстройства связанные с коморбидной соматической патологией у детей и подростков. В Институте создана психотерапевтическая служба, оказывающая помощь в рамках реализации психотерапевтических интервенций, нейропсихологического консультирования и инновационных форм психотерапевтической коррекции (БОС, VR-терапия). База имеет свой биолабораторный комплекс, осуществляющий широкий спектр параклинических исследований (неврологических, нейрофизиологических, лабораторных).